Incendios y destrucción.
Sufrió dos incendios que acabaron con numerosa documentación conservada en el archivo diocesano, que por entonces tenía su sede en el Palacio Arzobispal anexo al templo.
.- En 1591 consumió toda la documentación medieval custodiada, entre los que se encontraban varios papeles de secretaría.
.- En 1812, que calcinó escritos custodiados hasta entonces, como expedientes de órdenes sagradas, listados de sacerdotes fallecidos y libros de contabilidad, fundaciones o expedientes matrimoniales, entre otros.
Y el 22 de noviembre de ese año fueron los soldados del ejército francés quienes causaron un incendio, arrasando el Palacio Arzobispal.
En Burgos las tropas robaron todo lo que pudieron. Y además las tropas napoleónicas colocaron más de 1000 bombas en el castillo para volarlo como “regalo de despedida”. La mañana del 13 de junio de 1813, los burgaleses despertaron con una inmensa explosión. El castillo había saltado en pedazos y la onda expansiva había destruido la mayor parte de las vidrieras de la catedral, varias de sus estatuas y la techumbre de algunas iglesias cercanas. (Santa Maria la Blanca)
Ningún burgalés murió, pero cuando se acercaron a las ruinas del castillo descubrieron que cientos de franceses habían perecido bajo los escombros al calcular mal las cargas y el tiempo de detonación. Solo una docena se salvaron y consiguieron huir mientras las tropas españolas entraban en Burgos.
